پس از استعفای بازرگان، به دستور امام، شورای انقلاب جریان امور مملکت را به دست گرفت و زمینه برای انتخابات ریاست جمهوری فراهم آمد. در اولین دوره ریاست جمهوری (بهمن 135۸) ابوالحسن بنی صدر با بیش از ده میلیون و پانصد هزار رأی به عنوان اولین رئیس جمهور ایران انتخاب شد، بنی صدر در نیمه بهمن ماه در بیمارستان قلب (امام در آن جا ب ستری بود) در حضور امام و شورای انقلاب سوگند وفاداری به قانون اساسی یاد کرد و حکم ریاست جمهوری وی از سوی امام تنفیذ شد، در اواخر بهمن همان سال به سبب شرایط خاص کشور، امام با اعلام این که در این شرایط به تمرکز قوا نیاز است، مقام نیابت فرماندهی کل قوا را به بنی صدر واگذار کرد.