در اول آبان 1356 آیت الله سید مصطفی خمینی فرزند ارشد امام خمینی به شکلی مشکوک در گذشت. سید مصطفی به همراه امام در نجف درتبعید بود و نقش موثری در هماهنگی مبارزه با رژیم داشت. امام خمینی این حادثه را از الطاف خفیه ی الهی خواندند .
بر خلاف انتظار رژیم شاه، مراسم ختم با شکوهی برای آن مرحوم در سراسر کشور برگزار شد. در این مجالس سخنرانی های تندی علیه شاه صورت گرفت. با وجود ممنوعیت شدید نام بردن از آیت الله خمینی این حادثه باعث شد تا بار دیگر به طور گسترده ای نام امام خمینی بر سر زبان ها بیفتد.