پس از مظفرالدین شاه، محمد علی شاه جانشین او با پشتیبانی دولت روسیه و حمایت مستبدان تصمیم گرفت حکومت نوپای مشروطه را نابود کند.
مخالفت با اقدامات محمد علی شاه:
مجاهدان مشروطه خواه در تبریز به رهبری ستارخان و باقرخان در برابر حکومت استبدادی محمد علی شاه به پا خاستند.
علمای مشروطه خواه نجف آنان را به مقاومت در برابر شاه مستبد دعوت کردند.
طرفداران مشروطه در گیلان و اصفهان با مشاهده ی ایستادگی مردم تبریز، روحیه گرفتند و راهی پایتخت شدند تا مردم را به مقاومت در برابر شاه مستبد دعوت کنند. آنها پس از فتح تهران ، محمدعلی شاه را برکنار کردند و پسر خردسالش ، احمد میرزا را به جانشینی او برگزیدند.
علت مخالفت شیخ فضل الله با انقلاب مشروطه:
وی معتقد بود افرادی که رهبری انقلاب را به دست گرفته اند، به اسلام اعتقادی ندارند و می خواهند افکار و فرهنگ کشورهای اروپایی را در ایران گسترش دهند.
شهادت شیخ فضل الله نوری:
برخی از مشروطه خواهان شیخ را به اتهام مخالفت با نظام مشروطه محاکمه کردند و به شهادت رساندند.
شهادت او تأثیر نامطلوبی بر اوضاع ایران داشت.