در 31 شهریور 1359 جنگ تحمیلی با حمله عراق به ایران آغاز شد. بنی صدر که فرماندهی کل قوا را نیز بر عهده داشت، سبب بسیاری از ناهماهنگی ها در جنگ بود اختلاف ها به مرحله ای رسید که امکانی برای اصلاح باقی نماند و اساس اسلام و انقلاب به خطر افتاد. در نتیجه امام در بیستم خرداد 1360 طی حکمی بنی صدر را از فرماندهی کل قوا عزل کرد. مجلس با اکثریت آرا به عدم صلاحیت بنی صدر برای ادامه مسئولیت ریاست جمهوری رأی داد.
1) به دلیل کج روی بنی صدر
2) احساس مسئولیت نکردن او در شرایط حسا س کشور
این دلایل و دلایلی دیگر باعث شد رأی عدم صلاحیت بنی صدر به تأیید امام رسید و با پشتیبانی مردم رو به رو شد.