حادثه خونین فیضیه پیامدهای مختلفی داشت و برخلاف انتظار رژیم مبارزه را جدی و آشکارتر کرد. روحانیون تهران، قم، مشهد، اصفهان، شیراز و برخی از دیگر شهرستان ها به منظور ابراز همدردی و پشتیبانی از حوزه علمیه قم به مدت یک هفته دست به اعتصاب زدند و از رفتن به مساجد و اقامه نماز جماعت خودداری کردند. امام خمینی در اعلامیه معروف خود، شاه دوستی را با غارتگری، جنایت و تجاوز به احکام اسلام مساوی دانست و به نام ملت، نخست وزیر را استیضاح کرد و فرمودند: من اکنون قلب خود را برای سرنیزه های مأمورین شما حاضر کرده ام. رهبری نهضت همچنین اظهار حقایق را به هر قیمتی واجب و تقیه را حرام کرد.