امروزه ثابت شده است که کمترین آلودگی در رودخانه ها باعث ایجاد مشکلات زیست محیطی فراوانی می گردد. مهمترین عوامل آلوده کننده آب رودخانه ها از قرار زیر است:
فاضلاب شهری، فاضلاب کشاورزی و فاضلاب صنعتی.
با آلوده شدن آب رودخانه ها، ماهی و سایر آبزیانی که در آن جا زندگی می کنند، آلوده و یا از بین می روند و باعث می شوند سایر مصرف کنندگان از جمله انسان ها نیز در معرض خطر قرار گیرند. همچنین این آلودگی ها به همراه رودها به دریاها وارد شده و آن جا را نیز آلوده می سازند.