على عليه السلام در دوران حکومتش قصد داشت با عمل به تعالیم اسلام و سنت رسول خدا برادری و یگانگی دینی را به امت اسلامی بازگرداند اما در نتیجه اختلاف های سیاسی و جنگ های داخلی که پیش آمد تفرقه و چند دستگی میان مسلمانان بیشتر شد. این جنگ ها به دشمنی و درگیریهای طایفه ای و قبیله ای دامن زد و حتی باعث به وجود آمدن رقابت منطقه ای بین عراق و شام شد که تا سالها پس از آن ادامه داشت.