خلافت فاطمی نسبت به ترویج مذهب تشیع اسماعیلی و رواج آیین های شیعی در مناطق زیر سلطه خود اهتمام جدی داشت و از عالمان شیعی حمایت می کرد فاطمیان در شهرهای قلمرو خود به نام امامان اسماعیلی خطبه می خواندند اگر چه معدودی از خلفای فاطمی محدودیت هایی را برای پیروان سایر مذاهب از جمله اهل تسنن ایجاد کردند اما در بیشتر دوران حکومت فاطمیان اهل تسنن آزادانه به زندگی و فعالیت دینی واجتماعی خود مشغول بودند.