رابطه صفاریان با خلافت عباسی فراز و نشیب زیادی را طی کرد با وجود آنکه یعقوب بدون فرمان و بی اجازه خلیفه عباسی به قدرت رسید اما موفقیت های او در سرکوب خوارج و جهاد با کفار مرزهای شرقی موجب شد که خلیفه فرمان حکومت سیستان کابل و بلخ را برای وی ارسال نماید با این حال پس از حمله یعقوب به نیشابور و از میان برداشتن حکومت طاهریان و سپس لشکر کشی او به سوی بغداد روابط دو طرف به خصومت گرایید.