توجه نکردن مظفرالدین شاه به نامه های آیت الله طباطبایی باعث شد به شعله های قیام بار دیگر افروخته شد و مردم به خاطر بی اعتنایی شاه دست به قیام زدند، در این میان، چند نفر مجروح شدند و طلبه اى به شهادت رسید. این حادثه، خشم مردم را برانگیخت و آنان جنازه آن طلبه را به مسجدى در مرکز شهر رساندند.به همین علت رهبران مردم، پس از بحث و تبادل نظر، تصمیم گرفتند این بار در اعتراض به اقدام هاى دولت، به شهر مقدس قم مهاجرت کنند. این مهاجرت که گسترده تر از مهاجرت قبل بود، به مهاجرت کبرى معروف شد.