تثبیت نظام جمهوری اسلامی ایران

• پس از انتخاب ابوالحسن بنی صدر به عنوان نخستین رئیس جمهوری اسلامی ایران، امام خمینی علاوه بر تنفیذ حکم ریاست جمهوری وی، فرماندهی کل قوا و ریاست شورای انقلاب را نیز به او واگذار کردند.
• علل عزل بنی صدر از ریاست جمهوری: قرار گرفتن در چنین موقعیت و مقامی بنی صدر را چنان مغرور کرد که از پذیرش محمد علی رجایی، چهره انقلابی و مورد اعتماد امام و مردم، برای نخست وزیری امتناع می ورزید، سرانجام، با اصرار نمایندگان مجلس شورای اسلامی رجایی نخست وزیر شد. بنی صدر سپس با اختلاف افکنی میان مسئولان و نهادهای نظام، روز به روز از خط امام فاصله گرفت و به گروه های منحرف و معاند، مانند سازمان مجاهدین خلق، نزدیک شد. با شروع جنگ تحمیلی نیز نیروهای سپاه پاسداران را در تنگنای مالی و تسلیحاتی قرارداد و زمینه سقوط خرمشهر را فراهم آورد. این اعمال و رفتار سبب شد که امام خمینی او را از فرماندهی کل قوا برکنار کند. چند روز بعد هم نمایندگان مجلس شورای اسلامی به عدم کفایت سیاسی او رأی دادند. این رأی به تأیید امام خمینی رسید و بنی صدر از منصب ریاست جمهوری نیز عزل گردید (خرداد ۱۳۶۰).

• با خلع بنی صدر، محمد علی رجایی در دومین دوره انتخابات ریاست جمهوری پیروز شد(۲ مرداد ۱۳۶۰) و محمد جواد باهنر را مأمور تشکیل کابینه کرد. دوره ریاست جمهوری رجایی خیلی کوتاه بود؛ ایشان به همراه نخست وزیر و یاور انقلابی خود در انفجار دفتر نخست وزیری توسط منافقین در ۸ شهریور ۱۳۶۰ به شهادت رسید.
• پس از شهادت رئیس جمهور رجایی و نخست وزیر باهنر، مجلس شورای اسلامی آیت الله مهدوی کنی را به ریاست هیئت دولت برگزید تا در اداره امور کشور و جنگ وقفه ای به وجود نیاید.
• اندكي بعد، مردم ایران در انتخابات سومین دوره ریاست جمهوری بار دیگر با حضوری گسترده به پای صندوقهای رأی رفتند و آیت الله سید علی خامنه ای را به ریاست جمهوری اسلامی برگزیدند (۱۰ مهر ۱۳۶۰) ایشان نیز میرحسین موسوی را برای تصدی منصب نخست وزیری به مجلس شورای اسلامی معرفی کرد.
• آیت الله خامنه ای دو دور متوالی در سمت ریاست جمهوری اسلامی باقی ماند. (۱۳۶۰-۱۳۶۸ش)

در این دوره ثبات سیاسی و امنیتی بیشتری ایجاد شد و اداره امور جنگ با توان و موفقیت بیشتر به انجام رسید. همچنین دوره مذکور دانشگاه ها که پس از پیروزی انقلاب اسلامی تعطیل شده بودند، بازگشایی شدند.(مهر ۱۳۶۲)

با بروز پاره ای از اختلاف ها میان مجلس شورای اسلامی و شورای نگهبان مشکلاتی در اداره کشور به وجود آمد. از این رو، به فرمان حضرت امام مجمع تشخیص مصلحت، مرکب از مسئولان عالی رتبه کشور و صاحب نظران برجسته، تشکیل شد تا به اختلافات میان مجلس و شورای نگهبان رسیدگی کند.

• رحلت امام در خرداد ۱۳۶۸: امام خمینی در شامگاه ۱۳ خرداد ۱۳۶۸ بعد از یک دوره بیماری در ۸۷ سالگی از دنیا رفتند .خبر ارتحال حضرت امام را یادگار گرامی ایشان حجت الاسلام سید احمد خمینی صبح روز بعد به اطلاع مردم ایران و جهان رساند. دو روز بعد، پیکر مطهر امام شهیدان در میان حزن و اندوه میلیون ها نفر از تشییع کنندگان در بهشت زهرای تهران به خاک سپرده شد.
• شروع رهبری آیت الله خامنه ای: بلافاصله پس از رحلت بنیان گذار جمهوری اسلامی ایران، مجلس خبرگان رهبری تشکیل جلسه داد و با اکثریت قریب به اتفاق آراء، حضرت آیت الله سید علی خامنه ای را به دلیل داشتن شرایط و ویژگی های مندرج در اصل یک صد و نهم قانون اساسی به مقام رهبری برگزید. (۱۴ خرداد ۱۳۶۸)
• علل انتخاب آیت الله خامنه ای به رهبری: حضرت آیت الله خامنه ای از ابتدای نهضت تا زمان پیروزی انقلاب اسلامی به عنوان شاگرد و پیرو حضرت امام خمینی (ره) حضور و نقش فعالی در مبارزه با رژیم پهلوی داشتند؛ ازاین رو، بارها دستگیر، زندانی و تبعید شدند. ایشان در دوران جمهوری اسلامی و در شرایطی که کشور گرفتار توطئه های پیچیده دشمنان خارجی و ضدانقلاب داخلی و نیز جنگ تحمیلی بود، همچون یاوری بصیر و ثابت قدم در خدمت انقلاب و حضرت امام بودند و مسئولیت های خطیری را عهده دار شدند که از جمله آنها دو دوره ریاست جمهوری است. معظم له در تیر ۱۳۶۰، هدف حمله تروریستی مجاهدین خلق قرار گرفتند که به شدت جراحت برداشتند و به شرف جانبازی انقلاب اسلامی نائل آمدند. خبرگان ملت بر اساس چنین ویژگی ها و سوابقی، ایشان را برای رهبری انقلاب اسلامی، صالح، شایسته و لایق تشخیص دادند.